萌菌物语由执导，并且由编剧携幕后团队创作。集众多位著名实力派明星长谷川遥：大原さやか,结城萤：斎賀みつき,泽木惣右卫门直保：阪口大助,川滨拓马：杉山紀彰,树庆藏：西村知道,及川 叶月：神田朱未,武藤葵：能登麻美子,美里 薰：小西克幸,糠秕马拉色菌：松田洋昌,等加盟。并于2007年在日本上映。

萌菌物语剧情讲述了拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情……在每集动画中的片尾都有“菌剧场”。

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